关于手术时机，有两种意见，一种主张一旦确诊为脑脓肿即应手术，另一种主张用抗生素治疗1～2周，待包膜形成完善手术。多数人偏向后一种意见，但当病情恶化时，应立即手术。

　　手术方法有：

　　1. 穿刺抽脓术简便安全，既可诊断又可治疗，适用于各种部位的脓肿，特别对位于脑功能区或深部脓肿（如丘脑、基底节）或老年体弱、婴儿、先天性心脏病及病情危重不能耐受开颅术者适用。穿刺法失败后，仍可改用其它方法。因此随着脑CT的应用，穿刺法常作为首选的治疗方法，甚至用于多房性脑脓肿。对深部脑脓肿（如丘脑脓肿），采用立体定向技术或脑CT简易定位法，可提高穿刺的准确性。但是缺点是疗程较长，对厚壁脓肿、脓腔内有异物者不适用。医学教育网

　　穿刺抽脓时，应根据脓肿部位，选最近脓肿而又不在脑功能区或大血管部位钻孔。穿刺入脓腔后，应保持针尖在脓腔中央，把脓液尽量抽吸出来，并反复小心地用生理盐水作脓腔冲洗，防止脓液污染术野。最后向脓腔内注入含抗生素的硫酸钡混合悬液，作脓腔造影，以便以后摄头颅正侧位片随访和作为再穿刺的标志，也可不作脓腔造影，单纯注入抗生素，而用脑CT随访来指导穿刺。临床症状、体征的消失，脓腔造影或CT显示脓肿缩小（直径小于1.5cm）、皱缩，则说明脓腔已闭合，可停止穿刺。但临床还应定期随访半年至1年。

　　2.脓肿切除术  经穿刺抽脓失败者、多房性脓肿、小脑脓肿或脓腔内有异物者均应行脓肿切除术，对脓肿溃破者也应紧急开颅切除脓肿，并清洗脑室内积脓。术时应注意防止脓液污染伤口。本法治疗彻底，颅内减压满意，但它要一定的医疗技术和条件。可见，上述两法各有利弊，应根据病人情况合理选用。一般而论，手术方法与术后癫痫发生率、脓肿复发率及神经系统并发症之间并无显著关系。不论采用什么方法，最重要的是及时的诊断和治疗，在脑干尚未发生不可逆的继发性损伤以前清除病变，解除脑受压，并配合应用适当的抗生素、脱水治疗，注意营养和水电解质平衡。